Muzeyin ikinji gatynda yerleşyän Tebigat zalynda Repetek, Amyderya, Köytendag döwlet goraghanalary barada gürrün beryän birnäçe suratly yazgylar yerleşdirlendir. Repetek döwlet goraghanasy 1928-nji yylyn oktyabr ayynyn 27-nde Repetegin daş-töweregindäki çölün täsin we ajayyp ojar tokaylaryny goramak maksady bilen döredildi. Dioramada Repetek döwlet goraghanasynyn haywanat we ösümlik dünyäsi tanyşdyrylyar hem-de goraghananyn çaklerinde yaşayan birnäçe haywanlar, guşlar görkezilyär. Amyderyanyn çöl zolaglary, toranny tokayjyklary, jennellikleri, bay haywanat we ösümlik dünyäsini öwrenmek, olary goramak, saklamak maksady bilen Amyderya döwlet goraghanasy 1982-nji yylyn may ayynyn 27-nde döredildi. Dioramada gorahanada yaşayan amyderya suguny, yekegapan, guşlardan: owadan durna, ak guw, gotan, gaz, sülgün, ördekler hem-de ösümliklerin dürli görnüşleri bilen tanyşyp bilersiniz. Bu dioramada in gymmatly eksponatlarynyn biri-de yitip giden Turan gaplanydyr. Witrinada Amyderyada duş gelyan balyklardan: bekre, ak amur, gara balyk, zagara, pilburun görkezilyär. Indiki witrinada birnaçe kebeleklerin, mör-möjeklerin we möylerin görnüşleri bilen tanyşyp bilersiniz. Köytendag döwlet goraghanasy 1986-nji yylyn 11-nji iyulynda döredildi. Bu görkezilyän uly dioramanyn üsti bilen Köytendagyn täsin tebigy paleontologik yadygärligi hasaplanyan “Dinozawrlaryn tekiz belentliginde” 150 million yyl mundan ozal yaşap geçen dinozawrlaryn ayak yzlarynyn sudurlary, şeyle-de beyik belentlikden gaydyan Umbardere şarlawugynyn täsinligine, Gaynarbaba çeşmesine, Köytendagyn ösümlik we haywanat dünyäsine syyahat etdip bilersiniz. Köytendaglarynda ululy-kiçili gowaklaryn birnäçesi bar. Bu gowaklar millionlarça yyllaryn dowamynda yerasty suwlaryn dag jynslaryny eretmegi netijesinde emele gelipdirler. Daşyürek, Garlyk, Haşymoyuk, Gap-Gotan, Gülşirin gowaklarynyn özboluşly ayratynlyklary barada gyzykly maglumatlar yerleşdirilen. Haşymoyuk gowagy barada gürrün beryän dioramada stalaktit we stalagmit daşlaryn dürli görnüşlerin owadan şekilleri yerleşdirilen. Köytendagdan gazyp alynyan dürli pudaklarda ulanylyan mineral daşlaryn dürli görnüşleri witrinada görkezilen. Yene-de, tebigat zalynynda jana şypa beriji melhem hökmünde halk lukmançylygynda ginden ulanylan dermanlyk ösümliklerden tayyarlanan gerbariylerin dürli görnüşleri witrinalarda yerleşdirilen. Tebigat zalyn ekskursiyasy dünyä belli birnäçe biolog, astronom alymlaryn foto suratlary we olara degişli maglumatlary yerleşdirilen witrinalar bilen tamamlanyar.