На втором этаже музея в зале природы, выставлены иллюстрации, которые подробно рассказывают о Репетекском, Амударьинском, Койтендагском государственных заповедниках. Репетекский заповедник был основан 27-ого октября 1928 года с целью сохранения Каракумов. Диорама знакомить с животным и растительным миром заповедника. Для сохранения прибрежных зон Амударьи, тугайный лeсов, богатой флоры и фауны 27-ого мая 1982 года был основан Амударьинский заповедник. На диораме изображены тугайный благородный олень, кабан, а из птиц- красавка журавль, лебедь, гусь, фазан, утки, имеется большое разнообразие флоры. Самым редким экспонатом на диораме является изчезнувший туранский тигр. В витрине можно увидеть рыб. Это осётр, белый амур, сазан, карп и другие. В следующей витрине можно ознакомиться со множеством бабочек, насекомых и пауков. Койтендагский государственный заповедник был создан 11-ого июня 1986 года. На диораме заповедника помещены следы динозавров, оставленные 150 миллионов лет назад, а также водопад Умбар-дере, озеро Кайнар-баба, растительный и животный мир Койтендага. В этом горном крае множество малых и больших пещер. Они образовались посредством карстовых явлений за миллионы лет. В музее можно узнать множество интересных фактов о пещерах Дашюрек, Хашимоюк, Гап-Готан, Гюльширин. На диораме, которая рассказывает о пещере Хашимоюк, изображены красивые фигуры сталактитов и сталагмитов. Полезные ископаемые Койтендага также выставлены в витрине. Зал заканчивается фотографиями известных учёных и сведениями о них.